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[Tutorial] ATCC(R) Microbiome Standards 을 이용한 16S 마이크로바이옴 분석

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16S 마이크로바이옴 시료를 시퀀싱하는 과정에 문제가 없는 지 검증(validation)하기 위해 사용되는 Microbiome Standards 제품에는 여러 종류가 있습니다. 보통 조성이 정확하게 밝혀져 있는 여러 미생물 종 DNA의 혼합물을 사용합니다. EzBioCloud는 이 제품을 분석할 수 있는 툴을 제공하고 있습니다. 이 튜토리얼에서는 American Type Culture Collection (ATCC)에서 판매하는 제품 한 종류를 이용하여 분석하는 방법을 단계별로 설명합니다.

준비하기

NGS data:

ATCC Microbiome Standards 제품을 시퀀싱한 NGS 데이터 파일을 준비합니다. Illumina 데이터(paired-end 또는 single-end)는 FASTQ format, PacBio 데이터는 ccs 프로세스가 완료된 FASTA format이어야 합니다. 데이터가 없는 분들을 위한 예시 데이터도 준비되어 있습니다. 이 [링크]를 클릭하면 다운로드 페이지로 이동할 수 있습니다.

EzBioCloud account:

EzBioCloud (www.ezbiocloud.net)에 가입하여 계정을 생성합니다. [가입 바로가기] 가입에 사용할 수 있는 메일에 제한은 없으나 이 튜토리얼을 따라하기 위해서는 기관 도메인 이메일로 가입해야 합니다. EzBioCloud에서 제공하는 마이크로바이옴 분석 서비스 MTP (Microbiome Taxonomic Profiling)의 무료 체험판(free trial)은 Gmail과 같은 일반 메일 계정으로는 신청할 수 없습니다. 무료 체험판을 신청하면 10만 read 이하의 데이터 20개를 분석해 볼 수 있습니다. [신청 바로가기]

이제 직접 분석해 봅시다.

NGS data, EzBioCloud account가 있고 MTP free trial까지 신청했다면 이제 아래의 튜토리얼 동영상을 보고 직접 분석해 볼 수 있습니다. 분석 중 궁금한 부분은 help.ezbiocloud.net의 검색기능을 활용하면 도움이 될 것입니다. 문의는 info@chunlab.com에서 받고 있습니다.


The EzBioCloud team / Last edited on May 22, 2018

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서울대 천종식 교수 (천랩 대표이사)의 마이크로바이옴 강의 시리즈입니다. Introduction to Microbiome – [Video] [pdf] Bacterial Species Concept, 16S rRNA gene & Average Nucleotide Identity (ANI) – [Video] [pdf]

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